Федор Козлов был призван в самом начале войны. Воевал на фронтах: Западный фронт с 05.07.41, Волховский фронт с 22.03.42, Ленинградский фронт с 15.03.44, 2-й Украинский фронт с 20.04.45. Службу проходил в составе 61 ст.д., 60 с.п., 29-го Гвардейского минометного полка (старший сержант, старшина батареи, помощник командира взвода), 234-го Отдельного Гвардейского дивизиона (гвардии старшина, зам. командира взвода связи управления штаба полка). За мужество и отвагу в 1942 году удостоен Гвардейского звания с вручением знака "Гвардия". В 1942 году был награжден медалью "За оборону Ленинграда". В 1943 году Гвардии старшина Федор Козлов был награжден медалью "За отвагу" за то, что под огнем противника исправил семь порывов на линии связи, чем обеспечил бесперебойную связь огневой позиции дивизиона с КП полка. По окончанию войны награжден медалью "За победу над Германией в Великой Отечественной войне" . В 1941 году был ранен. Демобилизован на основании указа президиума ВС от 25.09.45 как родившийся в 1915 году.