В 1939—1940 года Самохин был заместителем начальника Главного управления военных учебных заведений. В сентябре 1940 года он был направлен военным атташе в Югославию, занимал эту должность вплоть до мая 1941 года, когда Югославия была оккупирована немецкими войсками. 4 июня 1940 года ему было присвоено звание генерал-майора.В начале Великой Отечественной войны Самохин был назначен командиром 29-го территориального Литовского корпуса, который был вскоре разгромлен. В сентябре 1941 года Самохин был назначен заместителем по тылу командующего 16-й армией генерал-лейтенанта Рокоссовского. В декабре 1941 года он был переведён во 2-е управление Главного Разведывательного Управления Генерального штаба на должность заместителя начальника, а со 2 февраля 1942 года он стал начальником этого управления.В апреле 1942 года Самохин был назначен командующим 48-й армией Брянского фронта, но не успел вступить в должность: самолет, перевозивший назначенного на командование армией генерал-майора, по ошибке сел в расположение немецких подразделений, и Самохин попал в плен. В мае 1945 года он был освобождён из немецкого лагеря частями Красной Армии и отправлен в Москву. В конце 1945 года он был арестован. Военная коллегия Верховного Суда СССР приговорила его к 25 годам лишения свободы. 5 августа 1953 года Самохин был реабилитирован, освобождён и восстановлен в звании и в армии. В 1954 году он окончил Высшие академические курсы при Военной академии Генерального штаба, после чего стал старшим преподавателем на военной кафедре МГУ. 17 июля 1955 года Самохин скончался.