Принимал участие военных сражениях: Ханхин-Гол МНР( май-сентябрь 1939 г.)- помощник командира роты. С января 1942 г. до 9 мая 1945 года – помощник командира батальона по тех. части. В 1942 г. воевал в 51 армии (южный фронт), 82-й ОАТБ, Сталинградский фронт , 3 кав.корпус, 82-й ОАТБ.СВГ. 14 автобригада 24 автополка РВГК. Первый белорусский фронт 327ОАТБ. 14 артиллерийская дивизия 6 артиллерийский корпус. Был начальником военного училища при ставке Главнокомандующего. Награжден орденами Отечественной войны и Красной Звезды, двадцатью медалями, в том числе такими почетными, как "За боевые заслуги" и "За отвагу", тремя - Монгольской народной республики. Всю войну ездил на автомашине «Willys». Вернулся из Берлина 1947г. В г.Ирбите он был одним из организаторов и первым преподавателем автошколы ДОСААФ. Сотни водителей получили свои профессиональные знания у Алексея Федоровича. Пятнадцать лет, до выхода на заслуженный отдых, А.Ф. Молокотин проработал в средней школе № 8, Много внимания Алексей Федорович уделял военно-патриотическому воспитанию молодежи, готовил ворошиловских стрелков. В г.Ирбите есть музей «А.Ф.Молокотин - Солдат, Учитель, Человек», проходят соревнования по стрельбе имени А.Ф.Молокотина.