С сентября по ноябрь 1941 г., будучи начальником политического отдела 51-й армии, организовывал оборону Крыма. В последующем до июня 1942 года возглавлял политический отдел 50-й армии, которая в составе Брянского, затем Западного фронта участвовала в битве под Москвой. В период с июня 1942 г. по ноябрь 1943 г. являлся Членом Военного Совета 51-ой армии. 51-я армия в составе Сталинградского, Юго-Восточного и вновь Сталинградского фронта принимала участие в Сталинградской битве. С января 1943 г. в составе Южного фронта участвовала в Ростовской, Миусской, Донбасской, Мелитопольской и Крымской наступательных операциях. В наградном листе на орден Красного Знамени от 7 апреля 1943 г. об А.Е. Халезове отмечалось: "Тов. Халезов всегда во время боевых действий находился там, где требовались твердость и решительность наступления, он личным примером учил командиров и политработников жестокости и непримиримости к врагу, он много уделял внимания насаждению воинской дисциплины и порядка в войсках... В решении вопросов настойчив и принципиален, выдержан и требователен. В боях смел и решителен." С ноября 1943 г. по март 1944 г. генерал-майор Халезов служил в Главном политическом управлении РККА. Затем до завершения войны был Членом Военного совета 26-ой армии, которая до ноября 1944 года осуществляла оборону советско-финляндской границы на участке восточнее Кемиярви, Эхринавара. В ноябре 1944 года армия была выведена в резерв Ставки ВГК, в январе 1945 года в составе 3-го Украинского фронта участвовала в Будапештской, Балатонской, Венской и Грацко-Амштеттенской операциях.