С 1938 года по 15 ноября 1941г. проходил службу курсантом Черноморского высшего военно-морского училища.

С 15 ноября 1941г. по 28 ноября 1942г. находился в распоряжении Военного Совета Черноморского флота.

С 28 ноября 1942г. по 15 июля 1943г. – старший оперативный дежурный манипуляторной группы гидрографического района  Потийской ВМБ ЧФ.

С 15 июля 1943г. по 8 ноября 1943г. – помощник командира сторожевого катера СКА-0122 ("малый охотник", тип МО-2, зав. №8) 2-го дивизиона сторожевых катеров бригады траления и заграждения ЧФ.

За боевые отличия во время Новороссийской десантной операции, при высадке десанта 10 сентября 1943г.,  приказом командующего Черноморским флотом №73с от 4 октября 1943г. награжден орденом Красного знамени.

Участвовал в Керченско-Эльтигенской десантной операции. В ночь с 7 на 8 ноября 1943г. погиб вместе с катером во время боестолкновения СКА-0122 с 5 раумботами R-37, R-196, R-204, R-207, R-216 противника (катера-тральщики, тип R, Räumboote, нем.), блокировавшими Эльтигенский плацдарм. Команда катера сражалась до конца.

Из книги историка флота А.Кузнецова «Большой десант. Керченско-Эльтигенская операция» о героической гибели СКА-0122:

 «На ЗK-023, с которого должен был управлять высадкой Бондаренко1, открылась течь. Бондаренко вернулся в Кротков и в 03:15 перешел на СКА-0122. Этот катер загрузился для второго за ночь рейса и одновременно с КАТЩ-0211 и ДБ-7 вышел к Эльтигену. Тем временем тендер № 55 закончил прием 70 раненых и пленных на плацдарме и направился в Кротков. В полутора милях от крымского берега он встретил СКА-0122. Бондаренко принял раненых и пленных с тендера, пересадил на него десантников и повернул в базу. Однако вскоре его настигла пятерка раумботов. Бондаренко в 03:50 успел доложить, что десант высажен. Около 4 часов ночи посты СНиС наблюдали бой одинокого «охотника» с несколькими вражескими катерами. Огонь нашего катера постепенно ослабевал, а через некоторое время он взорвался. Из команды и 70 человек, принятых с тендера, не спасся никто…».

Капитан-лейтенант М.Г.Бондаренко, командир 9-го дивизиона катеров-тральщиков охраны водного района  Туапсинской военно-морской базы Черноморского флота, во время Керченско-Эльтигенской десантной операции командовал 4-ым десантным отрядом, затем 3-ей группой высадки.