В сентябре 1941 года ушёл добровольцем на фронт от горвоенкомата г. Ворошилова и был зачислен в 7-ю Гвардейскую миномётную дивизию (1-ый батальон миномётной роты, миномётчик, октябрь 1941г). Значок «Гвардия» был вручён 04.10.1943г.). Воевал под Москвой. За бои под Москвой был награждён медалью «За отвагу». Медаль вручена 07.05.1945г.

С августа 1942г. воевал в Сталинграде (1-ый батальон миномётной роты, миномётчик август 1942г.). По его рассказам в это время немцы вели долгую бомбардировку города. Сбрасывались фугасные и зажигательные бомбы. Громадная территория города была разрушена, сожжена центральная часть города. Обе стороны несли тяжёлые потери. Город превратился в море огня, дыма, пыли и развалин. Часто русских и немцев разделяла стена, этаж или лестничная площадка. В этом случае дрались винтовками, гранатами. Борьба шла за каждую улицу, каждый завод, каждый дом, подвал или лестничный проход. Советские части упорно оборонялись.

В этих боях 8 сентября 1942 г. гвардии рядовой Анищенко И.Е. был тяжело ранен в плечо и находился в эвакогоспитале № 3288 с 24.09.1942г. по 31.01.1943г. После выздоровления был вновь отправлен на фронт (27 Гвардейская тяжёлая миномётная бригада, миномётчик). За участие в боях за оборону Сталинграда был награждён медалью «За оборону Сталинграда». Принимал участие в боях за освобождение Восточной Пруссии, освобождении и штурме Кёнигсберга. Был вторично ранен в область предплечья (13.08.1943г.) и находился на лечении с14.08.1943г. по 23.09.1943г. Награждён орденом «Слава» (вручён 22.04.01945г.). За участие в Великой Отечественной войне награждён медалью «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945г.г.». Медаль вручена 05.09.1946г. Демобилизован в мае 1946г.