С началом войны Чупров находился на прежней должности. С 26 июня 36-я танковая дивизия принимала участие в ходе приграничного сражения на территории Белоруссии, а вскоре во время Смоленского сражения принимала участие в ходе нанесения контрударов в районе Смоленска. В мае 1942 года Чупров был назначен на должность командира 236-й танковой бригады, находившейся на формировании в городе Горький. После окончания формирования с июля бригада под командованием Чупрова принимала участие в ходе Ржевско-Сычевской наступательной операции, а с октября вела боевые действия по освобождению Калининской и Смоленской областей, а также восточных районов Белоруссии. Во время Великолукской наступательной операции Чупров в ходе оборонительных боевых действий по отражению попыток противника прорваться к окружённому гарнизону, находившемуся в Великих Луках, умело управлял подчинёнными ему войсками. За проявленные при этом личную отвагу, мужество и организаторские способности был награждён орденом Красного Знамени. Во время Невельской наступательной операции 236-я танковая бригада принимала участие в ходе освобождения города Невель, за что ей было присвоено почетное наименование «Невельская». В августе 1944 года Нил Данилович Чупров был назначен на должность командира 10-го гвардейского танкового корпуса, который принимал участие в ходе Сандомирско-Силезской наступательной операции, во время которой вёл оборонительные боевые действия в районе города Лисув, а затем захватил переправы через реку Чарна-Нида и ударом в обход города Кельце с северо-запада содействовал 13-й армии в освобождении города, а также в форсировании реки Одер в районе города Штайнау. Во время Нижнесилезской наступательной операции корпус под командованием Чупрова после захвата плацдармов на западном берегу реки Нейсе своими боевыми действиями способствовал окружению бреславской группировки противника. За талантливую организацию четкого управления танковыми частями в трудных условиях стремительного наступления и смелое применение обходного манёвра на окружение Нил Данилович Чупров был награждён орденом Александра Невского. В марте 1945 года Чупров получил контузию, после чего был назначен на должность заместителя командира 10-го гвардейского танкового корпуса. Полковник Нил Данилович Чупров погиб 24 марта 1945 года на 1-м Украинском фронте при налёте авиации противника. Похоронен во Львове.