Родился 22 апреля 1922 года в деревне Шельманы Фалёнского района Кировской области. Окончил Бельскую школу в 1937 году и поступил в Омутнинский педтехникум, а с 1939 года связал свою жизнь с Военно-Морским флотом. В июле 1943 года окончил Тихоокеанское высшее военно-морское училище, откуда был распределён на должность командира штурманской боевой части подводной лодки (ПЛ) М-3, а с декабря 1944 ПЛ М-14 Тихоокеанского флота. Участвовал в войне с Японией. После войны окончил Курсы офицерского состава Учебного отряда подводного плавания и был назначен командиром строящейся подводной лодки М-241 8-го ВМФ (Балтийский флот). В феврале 1951 года переведён на Чёрное море помощником командира Краснознаменной подводной лодки Щ-201 «Сазан». В 1952 году после окончания Краснознаменного Учебного отряда подводного плавания им. С. М. Кирова назначен старшим помощником командира подводной лодки Б-66 Ленинградской военно-морской базы, а через две недели возглавил строящуюся ПЛ М-291. До 1957 года служил на Балтике, откуда ушёл с должности командира ПЛ С-280 на учёбу слушателем Военно-морской академии им. К. Е. Ворошилова. В августе 1960 года после окончания академии был назначен на Северный флот начальником штаба 69-й бригады 33-й дивизии подводных лодок. С марта 1962 возглавил 211-ю бригаду 4-й эскадры подводных лодок. После Атлантического похода продолжал служить на 4-й эскадре до февраля 1964 года. Затем был переведен на должность старшего офицера в Главный штаб ВМФ. В сентябре 1962 4-я эскадра начала готовиться к участию в операции «Кама», в соответствии с которой на Кубу должны были передислоцироваться четыре дизельные торпедные подводные лодки Б-4, Б-36, Б-59 и Б-130, оснащенные торпедами с ядерными боеприпасами. Возглавить боевой поход должен был командир 69-й бригады контр-адмирал И. А. Евсеев, но в последний момент он попадает в госпиталь. И на роль флагмана назначается В. Н. Агафонов. Именно он возглавил 69-ю бригаду 20-й оперативной эскадры. Была поставлена задача скрытно перебазироваться в кубинский порт Мариэль. При подходе к Кубе в связи с изменением политической обстановки задание было изменено, и лодки начали скрытное патрулирование в Карибском море в окружении большого количества противолодочных кораблей США. Командир бригады Агафонов находился на подводной лодке Б-4 (командир ПЛ — капитан 1-го ранга Р. А. Кетов). Б-4 стала единственной из четырёх советских субмарин, которую корабли США не смогли заставить всплыть. С июля 1967 года заместитель начальника Центра — начальник 1-го Управления 19-го Центра Министерства обороны СССР. Закончил службу старшим офицером Генерального штаба ВС СССР. Вышел в отставку в 1979 году. 🎖Награды: ордена Отечественной войны II степени (06.04.1985), Красной Звезды, медали «За победу над Японией», «За боевые заслуги» (15.11.1950), «40 лет Победы на Халхин-Голе» (1979). Умер в 2004 году в Москве.