С первых дней войны Аборин С.В., занимая пост председателя Лотошинского районного совета депутатов трудящихся,  занимался выбором мест и оснащением базовых лагерей для партизанского подполья. С сентября 1941 года – эвакуацией людей, племенного скота и материальных ценностей.С 14 октября 1941 года – член штаба Лотошинского партизанского отряда. Отряд размещался в большом лесу в северной части Лотошинского района и в южной части Тургиновского района, ныне Тверской области.  Партизаны собирали сведения о дислокации немцев в Лотошине и Лотошинском районе и передавали в 30-ю Армию. Большая часть боевых операций партизанского отряда происходила на дороге Лотошино – Микулино, т.к. эта дорога имела стратегическое значение для немцев, на Калининском направлении.По отчетам командиров взводов партизанским отрядом за 68 дней было уничтожено более 250 немецких солдат и офицеров, 21 машина с боеприпасами, 4 автобуса с «живой» силой, 1 самолет, 2 легковые машины, 1 мотоцикл. Был взорван мост и 2 сарая с боеприпасами, вырезано около 500 м телефонного кабеля.С 17 февраля 1942 года Аборин Сергей Васильевич на посту председателя Лотошинского районного совета депутатов трудящихся  восстанавливал Лотошинский район после оккупации. Ему достался самый трудный период послевоенного восстановления района. Уже в 1943 году все центральные службы района переместились в Лотошино.

Награды:

- орден «Знак Почета» Отечественной войны второй степени. 1942 год

- медаль «За оборону Москвы». 1944 год

- орден Отечественной войны II степени. 1945 год

- медаль «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.». 1945 год

- медаль «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.». 1945 год

- медаль «Партизану Отечественной войны» второй степени. 1947 год

- медаль «В память 800-летия  Москвы». 1948 год

- юбилейная медаль «Двадцать лет победы в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.». 1965 год.

- орден Красной Звезды. 1967 год

- юбилейная медаль «50 лет Вооруженных сил СССР». 1967 год

- юбилейная медаль «За доблестный труд. В ознаменование 100-летия со дня рождения Владимира Ильича Ленина». 1970 год