Яков Маркович Вольфензон прошел всю Великую Отечественную Войну. Когда началась война 22 июня 1941 года, он служил офицером  в Киевском военном округе и ловил немецких шпионов и диверсантов. Он пеленговал их скрытные радиостанции и узнавал, где они находятся.

Во время войны он продолжал служить в военной контрразведке. Особая группа управления "СМЕРШ" , в которой он служил, последней уходила из городов и населенных пунктов и оставляла для партизан и разведчиков оружие, боеприпасы и радиостанции.

В 1942-1943 году служил в контрразведке генерала Чуйкова и получил медаль за «Оборону Сталинграда». За участие в боях награжден медалью «За боевые заслуги».

Потом было ранение в голову осколком немецкой мины. Лечение в госпитале.  Затем опять на фронт.

Дошел до Берлина. Освобождал Прагу и Вену. После победы над Германией направлен воевать с Японией на Дальний Восток.Служил на островах Сахалин и Кунашир.

За время войны награжден орденом «Отечественной Войны II степени» и орденом «Красной Звезды». Награжден медалью «За взятие Берлина» и медалью «За освобождение Праги», а также медалью «За участие в Великой Отечественной войне». Всего за войну получил – 7 наград.

Закончил службу в 1950 году в звании Майор.