Учился в Харьковском военно-политическом училище. Окончил его перед самой войной в мае 1941 года - младшим политруком. Получил распределение в Киевский особый военный округ и был назначен политруком роты 1739-го мотопехотного полка. Там и встретил войну. В первые дни войны он получил свои первые ранения: 25 июня 1941 года во время разведки на передовой получил осколочные ранения правого плеча и области локтевого сгиба. Лечился в эвакогоспиталях Киева, Полтавы, Чкалова. Откуда был выписан в августе 1941 года. Получил назначение в Среднеазиатский военный округ политруком роты связи в 837-ой отдельный батальон связи. После формирования батальон отбыл на юго-западный фронт под Болхов. Николай Шалагаев принимал участие в этих ожесточенных боях. Он не любил рассказывать о войне, никаких деталей и подробностей. Все, что нам известно - скупые строки наградного листа. Подвиг, за которой был награжден орденом «Красной Звезды», уместился в 20 машинописных строчках: «политрук Шалагаев Николай Николаевич участвовал в бою с немецко-фашистским захватчиками в городе Болхов Западного фронта. В это время батальон вел тяжелые оборонительные бои с превосходящими силами противника и использовался как стрелковое подразделение. Товарищ Шалагаев личным примером воодушевлял бойцов на смертельную борьбу с врагом и в этом бою лично командовал отделением. Несмотря на численное превосходство немцев, наступающих на участок занятой отделением силою 2 рот, Шалагаев использовав найденный на поле боя станковый пулемет, отбил атаку. Озлобленный противник начал яростный артиллерийский и минометный обстрел. Осколками мин Шалагаев был тяжело ранен в правое предплечье и левую ногу, которая была раздроблена, и в бессознательном состоянии вытащен связным в ППМ». Полгода он находился на излечении в эвакогоспиталях. Получил инвалидность, был уволен из Вооруженных Сил и вернулся на родину в Вологодскую область