Проходил службу с 07.1941 г. по 10.1944. Служил в 107 стрелковом полку 262 стрелковой дивизии в должности автоматчика. Принимал участие в боях на Юго-Западном фронте, 2-ом Украинском фронте. 29.10.1944 года, рота получила задачу разведать боем передний край обороны противника и захватить пленных. Бабалыхян М.Т. с группой автоматчиков подполз к окопам противника и огнём из автомата лично уничтожил 6 фашистов. В этом бою Бабалыхян М.Т. был тяжело ранен в левую ногу и комиссован со службы по инвалидности.