В январе 1942 года в горкоме партии ему предложили ехать в Москву в спецшколу для партизан. Учился в спецшколе №2 Центрального Штаба партизанского движения. Был направлен в штаб Калининского фронта. Находился в составе спецгруппы из пяти человек на оккупированной территории Калининской области (сейчас Псковская). Спецгруппе давали задание пускать поезда под откос, взрывать мосты, чтобы приостанавливать прохождение вражеских войск.  После выполнения рада заданий Клюбина направили на соединение с местным партизанским отрядом «Смерть фашистам» - в Аппоченский район Калининской области. Первую награду – орден Красного Знамени, получил за ряд проведенных операция, в том числе одну из крупных – взрыв моста на лини Москва-Рига. Анатолий Александрович пробыл 2 года в партизанах, имеет много наград, в том числе медаль «Партизан Отечественной войны» 1 степени.В 1944 году он направлен в действующую армию, участвовал в штурме Берлина, 29 апреля 1945 года получил тяжелое ранение.После войны вернулся в родной город и преподавал в Старооскольском медицинском училище.